Semih, kocaman bir hayal gücü olan, İstanbullu, küçük bir çocuktur. Ailesi ile birlikte, İstanbul'un en eski semtlerinden biri olan Balat'ta yaşamaktadır. Balat tarihi evleri, dar sokakları ve altında saklı olduğu söylenen gizli geçitleri ile Semih'in hayal dünyasında da sık sık yer alır. Bir gün Semih, o gece çok büyük, o zamana kadar olanların en büyüğünden, vahşi bir fırtınanın çıkacağını öğrenir. En iyi arkadaşı Murat'la birlikte geceleyin gizlice teraslarına çıkıp fırtınayı seyretmek üzere sözleşirler.

Ancak uykuya yenik düşen Semih sonunda terasa çıkabildiğinde, karşısında fırtına bulutları yerine bir sarmaşığa takıldığı için hareket edemeyen, yolunu kaybetmiş bir bulut bulur. Semih bulutla birlikte Balat'ın ve İstanbul'un çatılarının üzerinde uçar, uzaya çıkar. Sonunda bulut, yağmur olup yabancı bir gezegendeki gölün üzerine yağar. Tabii Semih'le birlikte.

Evdekiler kaybolduğunu fark etmeden, bir an önce eve dönmesi gerekmektedir Semih'in. Böylece çok bilgili gözüken bir leyleğe eve dönüş yolunu sorar Semih. Leylek, Düşünce Balığı'nı bulması gerektiğini, onun en büyük problemleri bile kolaylıkla çözeceğini söyler. Ancak Düşünce Balığı'nı sadece Önemli Bir Fikri olursa görebilecektir. Peki ne hakkında Önemli Bir Fikir? "O hiç önemli değil," diye viyaklar leylek.

Böylece Semih'in yolculuğu yeniden başlar.

Semih ve Balat'ın Bulutu, çocukları sihirli bir iç dünyanın içine sürükleyen, öğreten ama öğretirken bunu ders havasında yapmayan, daima okunabilecek bir hikâye. Suluboya ile yapılan gerçek İstanbul resimleri ile çocuklar kadar büyüklerin de ilgisini çekecek.